Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren
Sejak masa kolonialisme, pesantren telah melahirkan tokoh-tokoh nasional yang tangguh, sekaligus menjadi pelopor pergerakan kemerdekaan Indonesia, seperti KH. Hasyim Asyari, KH. Ahmad Dahlan, KH. Zaenal Mustopa dll. Dapat dikatakan bahwa masa itu pesantren memberikan kontribusi besar bagi terbentunya republik ini.
Analisis lebih jauh kenapa dari lembaga pendidikan yang sangat sederhana ini muncul tokoh-tokoh nasional yang mampu menggerakan rakyat untuk melawan penjajah, jawabannya karena figur kiai sebagai pimpinan pondok pesantren sangat dihormati dan disegani, baik oleh komunitas pesantren (santri) maupun masyarakat sekitar pondok, mereka meyakini bahwa apa yang diucapkan kiai adalah pengetahuan yang mengandung nilai-nilai kebenaran hakiki (Ilahiyyah).
Orde Baru dan Sekarang
Perkembangan pendidikan pondok pesantren pada periode orde baru, seakan tenggelam eksistensinya karena seiring dengan kebijakan pemerintah yang kurang berpihak pada kepentingan umat Islam.
Setitik harapan timbul untuk nasib umat Islam setelah terjadinya era reformasi, pondok pesantren mulai berbenah diri lagi dan mendapatkan tempat lagi di kalangan pergaulan nasional. Salah satunya adalah pendidikan pondok pesantren diakui oleh pemerintah menjadi bagian dari sistem pendidikan nasional yang termaktub dalam Undang-Undang Sistem Pendidikan Nasional (Sisdiknas). Pondok pesantren tidak lagi dipandang sebagai lembaga pendidikan tradisional yang illegal, namun pesantren diakui oleh pemerintah sebagai lembaga pendidikan yang mempunyai kesetaraan dalam hak dan kewajibannya dengan lembaga pendidikan formal lainnya.
Secara kelembagaan, pembinaan kepada Pesantren dan Pendidikan Diniyah sebelum tahun 2000 dilakukan oleh salah satu Subdit di lingkungan Direktorat Pembinaan Perguruan Agama Islam Direktorat Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam, yaitu Subdit Pondok Pesantren, sebagaimana Keputusan Menteri Agama Nomor 6 Tahun 1979 tentang Penyempurnaan Organisasi dan Tata Kerja Departemen Agama Sebagai Pelaksanaan Keputusan Presiden Nomor 30 Tahun 1978 tentang Perubahan Lampiran 14 Keputusan Presiden Nomor 45 Tahun 1974 Tentang Susunan Organisasi Departemen.
Melalui Keputusan Menteri Agama Nomor 1 Tahun 2001 tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi, Kewenangan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Departemen Agama yang merupakan tindak lanjut dari Keputusan Presiden Nomor 165 Tahun 2000 tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi, Kewenangan, Susunan Organisasi, dan Tata Kerja Departemen, Subdit Pondok Pesantren berkembang menjadi direktorat yang bernama Direktorat Pendidikan Keagamaan dan Pondok Pesantren, sebagai satu dari empat direktorat yang pada Ditjen Kelembagaan Agama Islam. Transformasi layanan kelembagaan dari yang semula berupa unit eselon III (Subdirektorat/Subdit) menjadi unit eselon II (Direktorat) memberikan pengaruh positif terhadap makin berkembangnya layanan melalui berbagai program dan kegiatan untuk menjawab pesatnya perkembangan lembaga Pesantren dan Pendidikan Diniyah.
Pada akhirnya seiring dengan berkembangnya lingkup dan beban layanan, Direktorat Jenderal Kelembagaan Agama Islam berubah menjadi Direktorat Jenderal Pendidikan Islam dan Direktorat Pendidikan Keagamaan dan Pondok Pesantren berubah pula menjadi Direktorat Pesantren dan Pendidikan Diniyah. Perubahan itu berdasarkan Peraturan Menteri Agama Nomor 3 Tahun 2006 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Departemen Agama sebagai tindak lanjut dari Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 63 Tahun 2005 tentang Perubahan Kedua Atas Peraturan Presiden Nomor 10 Tahun 2005 Tentang Unit Organisasi Dan Tugas Eselon I Kementerian Negara Republik Indonesia.
Sebagai tindak lanjut dari Peraturan Presiden Nomor 165 Tahun 2014 Penataan Tugas dan Fungsi Kabinet Kerja, Peraturan Presiden Nomor 7 Tahun 2015 tentang Organisasi Kementerian Negara, serta Peraturan Presiden Nomor 83 Tahun 2015 tentang Kementerian Agama, ketentuan mengenai tugas dan fungsi Direktorat Pesantren dan Pendidikan Diniyah berikut organisasi dibawahnya ditetapkan melalui Peraturan Menteri Agama Nomor 42 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Agama.
Peraturan Menteri Agama Nomor 42 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Agama merupakan tindak lanjut dari Pasal 76 Peraturan Presiden Nomor 83 Tahun 2015, yang menjelaskan mengenai tugas, fungsi, susunan organisasi, dan tata kerja Kementerian Agama.
Tugas dan fungsi pelayanan terhadap Pesantren dan Pendidikan Diniyah diamanahkan kepada Direktorat Pesantren dan Pendidikan Diniyah yang merupakan bagian dari Direktorat Jenderal Pendidikan Islam. Direktorat Pesantren dan Pendidikan Diniyah mempunyai tugas melaksanakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, standardisasi, bimbingan teknis, evaluasi, dan pengawasan Pesantren dan Pendidikan Diniyah sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.